Antes da chegada dos portugueses, Bertioga era habitada por índios da tribo tupi-guarani, que chamavam o local de “Buriquioca” (morada dos macacos).
Bertioga, como todo litoral paulista, possui vestígios da ocupação pré-histórica, comprovados pelos diversos depósitos de calcários existentes na região.

Esse tipo de sítio arqueológico, a que damos o nome da Sambaqui, constitui-se de grandes quantidades acumuladas de conchas de moluscos marinhos e terrestres, misturados com instrumentos de pedra e ossos e esqueletos ou parte de esqueletos humanos e de animais que representam testemunhos da cultura dos paleoamerídios do Brasil.

Da chegada de Pedro Álvares Cabral - em 1500 e após três décadas -, as poucas povoações em terras brasileiras eram as feitorias de embarque de pau-brasil. Bertioga foi visitada desde o início da colonização pelos portugueses, acredita-se que antes mesmo da fundação de São Vicente, primeira Vila do Brasil, fundada em 1532 por Martim Afonso de Souza.

Neste mesmo ano, João Ramalho teria vindo à cidade a fim de verificar a possibilidade de estabelecer no local uma fortificação para defender São Vicente dos ataques tamoios. Assim como em vários pontos da costa brasileira, aqui foram construídas as paliçadas de um fortim, tarefa atribuída a Diogo de Braga e seus filhos. Essa paliçada primitiva daria origem mais tarde – primeiro em 1531 e, após sua destruição, causada por um incêndio provocado por ataques indígenas, em 1547, quando foi transformado em alvenaria - ao que é hoje o cartão postal de Bertioga: o Forte São João.

A fortaleza, considerada a mais antiga ainda erguida no Brasil, é um patrimônio histórico, tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) em 1940.
Uma das figuras mais importantes para a história de Bertioga foi, sem dúvida, o artilheiro alemão Hans Staden, que, através de suas obras, deixou gravadas, além das várias observações a respeito da terra, fauna, flora e civilizações indígenas locais, importantes indicações sobre o desenvolvimento histórico do país no século XVI.

Hans Staden fez duas viagens ao Brasil. Na primeira, em 1547, foi nomeado condestável do Forte São Felipe que, juntamente com o Forte São João de Bertioga, era responsável pela defesa da Vila de São Vicente. Capturado pelos tupinambás, permaneceu prisioneiro entre eles por cerca de nove meses.

Foi também de Bertioga que, em 1565, Estácio de Sá e sua esquadra saíram para fundar a cidade do Rio de Janeiro.

Bertioga foi, até 1943, região livre e soberana. A história da dominação santista tem início em 1944, quando o então governador do Estado, Ademar de Barros, decretou a anexação de todo litoral norte a Santos.

Em 1946, a prefeitura de Santos elevou Bertioga à condição de sub-prefeitura. No fim da década de 70, o desenvolvimento da região intensificou-se, devido à abertura das estradas Mogi-Bertioga e Rio-Santos.
No dia 19 de maio de 1991, realizou-se o plebiscito que confirmaria a autonomia do Distrito, transformando-o num dos mais novos municípios paulistas.

Realizada a primeira eleição no dia 03 de outubro de 1992, Bertioga consolidava sua autonomia, elegendo seu primeiro prefeito.